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Foto: Marcelo Mendes Brandão
Marcelo Mendes Brandão
Formado em Ciências Biológicas pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (1996), mestrado em Farmacologia pela Universidade Estadual de Campinas (1999) e doutorado em Clínica Médica pela Universidade Estadual de Campinas (2003). Pós doutorado em Biologia Molecular (2005) no Laboratório de Biologia Molecular do Hemocentro da UNICAMP, Pós doutorado em Bioinformática, Biologia Computacional e evolução (2007- 2011) no Laboratório de Biologia Molecular de plantas no Departamento de Genética da ESALQ. Foi pesquisador convidado no Departamento de Ciências da Vida na Universidade de Alberta em Edmonton, AB, Canadá (2012-2013), responsável pelas análises de Biologia Computacional e estatísticas dos transcriptomas de pragas de floresta de interesse econômico estudados pelo projeto BEGAB, ?Budworm Eco-Genomics: Applications & Biotechnology" (http://www.sprucebudworm.ca/). Atualmente, é pesquisador do Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG) da UNICAMP e responsável pelo Laboratório de Biologia Integrativa e Sistêmica (https://labis.bioinfoguy.net/), tendo como principais linhas de pesquisa Análise e identificação de genes diferencialmente expressos por técnicas de sequenciamento de nova geração, anotação de transcriptomas de sistemas não modelo, relações evolutivas entre famílias protéicas. As áreas de pesquisa citadas acima tem como organismos de estudo Lepdópteras consideradas praga para a agricultura brasiliera, leveduras e bactérias fermentadoras com interesse na produção de bioprodutos de primeira ou segunda geração. Atua também na área de BioTI sendo responsável pela administração dos sistemas de computação de alto desempenho Thunder e Bioinfo, para uso em análise de Bioinformática aplicada à Agricultura e Bioenergia. Tem auxiliado outros grupos de pesquisa na montagem de sistemas de computação para análise de dados biológicos e gerenciamento de grande volume de dados.
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Projetos

A PLASTICIDADE DA EXPRESSÃO DOS TRANSCRITOS COMO UMA RESPOSTA DAS LARVAS À PLANTAS HOSPEDEIRAS ALTERNATIVAS NO PROCESSO DE ESPECIAÇÃO DE ESTIRPES DE MILHO E DE ARROZ DE SPODOPTERA FRUGIPERDA
Finalizado
Nossa proposta foi avaliar a expressão de genes plásticos e genes envolvidos na especiação ecológica na mariposa Noctuidae Spodoptera frugiperda (FAW), e demonstrar como as plantas hospedeiras podem influenciar na diferenciação de linhagens neste inseto polífago. FAW é uma importante praga em várias culturas ao redor do mundo, e é diferenciada em raças relacionadas às plantas hospedeiras, as raças milho (CS) e arroz (RS). Sequenciamento de RNA (RNA-Seq) e caracterização do transcritoma foram aplicados para avaliar as diferenças em expressão gênica nas larvas das duas raças, alimentadas no hospedeiro principal (milho) e no alternativo (arroz). Nós consideramos que gentes diferencialmente expressos pela mesma raça como resposta a plantas diferentes são "plásticos". Por outro lado, diferenças na expressão gênica entre as duas raças alimentadas no mesmo hospedeiro foram consideradas diferenças constitutivas. Os parâmetros de desenvolvimento individual (peso de larvas e pupas) variaram entre as condições (raça vs. hospedeiro). Um total de 3657 contigs estão relacionados à resposta prática, e 2395 contigs foram diferencialmente regulados nas duas raças se alimentando nos hospedeiros preferencial e alternativo (contigs constitutivos). Três funções moleculares estiveram presentes em todas as comparações, menos e mais expressos: atividade de oxidoreductase, ligação metal-ion e atividade de hidrolase. A metabolização de químicos externos está entre as funções chaves envolvidas na variação fenotípica das raças de FAW. De uma perspectiva agrícola, alta plasticidade nas famílias de genes de detoxificação indica uma capacidade para a resposta rápida aos compostos de controle, tais como inseticidas. (AU)
Colaboradores
BIOLOGIA DE SISTEMAS APLICADA A AGRICULTURA: ANÁLISE DE TRANSCRIPTOMAS E INTERACTOMAS
Finalizado
O conhecimento básico de expressão gênica e das redes de interações proteína-proteína são fundamentais para uma melhor compreensão dos mecanismos envolvidos nas relações entre insetos e plantas. Assim, este projeto propõe duas linhas de pesquisa que demandam alta capacidade de aplicação de técnicas de Biologia Computacional. A primeira trata da análise de transcriptomas, tanto para estudos com micro arranjos de DNA quanto para sequenciamento de fragmentos de cDNA por técnicas de alto rendimento. A outra linha de pesquisa trata da proposição de interações proteicas e gênicas de sistemas biológicos (Interactoma), no caso deste projeto, utilizando os dados contidos nos bancos de dados de interações proteína-proteína próprios - AtPIN - e publicamente disponíveis e, ainda, dados oriundos de análises dos transcritos previamente citados. Os objetivos principais do projeto são articular estas duas linhas de pesquisa de modo a produzir um corpo sólido de informações e, utilizando dados de co-expressão, identificar quais vias metabólicas são ativadas em insetos, resistentes ou não a inibidores de proteases, que apresentam uma possível barreira aos compostos de defesa de plantas de interesse econômico. Paralelamente, usando a rede de interações de proteínas de Arabidopsis thaliana concatenada pelo AtPIN, identificar as sub-redes de interações (Cliques) que formam os complexos proteicos essenciais e identificar proteínas candidatas a participarem da via de síntese da tiamina em Arabidopsis. Além da relevância acadêmica, os resultados deverão subsidiar e aumentar os dados disponíveis sobre expressão, interações proteicas, filogenia e possíveis alvos de estudo que expliquem os intrincados mecanismos envolvidos nas relações entre insetos e plantas, bem como fortalecer e impulsionar a linha de pesquisa em Bioinformática e Biologia Computacional aplicada nos estudos de Biologia de Sistemas na instituição sede. (AU)
Colaboradores
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